Послужной список
 - 1899—1900 — Начальник эскадры Тихого океана. (?)
 - 1903—1907 — старший флагман Балтийского флота, затем начальник Главного гидрографического управления.
 - С 1894 - младший флагман Балтийского флота.
 - 1860 — Окончил Морской корпус (офицером с 1862). Офицер Балтийского флота.
 - 1880—1892 — Командование различными судами: 
- 1885 — броненосный фрегат «Владимир Мономах». Капитан 2-го ранга (1855).
 - Эскадренный броненосец «Император Николай I».
 - Канонерская лодка «Снег».
 - Клипер «Разбойник».
 
  - С 1875 - капитан-лейтенант.
 - 1909 — Полный адмирал.
 - 1892—1894 — контр-адмирал, начальник штаба Черноморского флота и портов Черного моря.
 - С 1887 - капитан 1-го ранга . Участник китайской кампании 1900—1901.
 - 1907 — Член Адмиралтейств-совета.
 - 1896—1898 — Помощник начальника Главного морского штаба. Вице-адмирал с 1898 года.
 - 1871—1875 — Кругосветное плавание на корвете «Богатырь».
 - 1901—1902 — Командующий Практической эскадрой Черноморского флота. По другим данным (Мельников, «Цесаревич»), в этот период продолжал оставаться начальником эскадры Тихого океана.
 - С 1901 - старший флагман Черноморского флота.
 - 1895—1896 — Командующий Учебно-артиллерийским отрядом Балтийского флота.
 - 1860—1865 — Кругосветное плавание на корвете «Калевала».
 - С 1891 - командир 15-го флотского экипажа.
 
 Был членом комиссии по пересмотру Морского устава 1885 г., разработавшей новую редакцию 1899 г. (действовал до 1914 г.); комиссии, разбиравшей бой в Желтом море 28 июля 1904 г.; председателем следственной комиссии по выяснению обстоятельств Цусимского боя.
 В честь Я. А. Гильтебрандта был назван остров в заливе Петра Великого.